IINTS-AF app: wat doet alles?

Een Nederlandstalige wegwijzer voor Research Workbench beta 0.2.14 / SDK 1.5.37. De Engelse namen staan erbij zodat je de knoppen letterlijk kunt terugvinden. Deze uitleg is gecontroleerd tegen de schermen en knoppen in de Tauri-code. Het is geen bewijs dat iedere externe tool op jouw computer is geïnstalleerd.

Begin hier: je hoeft niet alles te gebruiken

De app is een gereedschapskist, geen checklist die je helemaal moet afwerken. Voor een gewone simulatie heb je maar drie schermen nodig:

Overview → Run protocols → Inspect results.

• Overview: kan de software op deze computer werken?
• Run protocols: welk experiment wil ik uitvoeren?
• Inspect results: wat kwam eruit?

Local AI review is optioneel. Research tools en Foundation AI & Visualizer zijn aparte, geavanceerde onderzoeksonderdelen. Laat die eerst gerust met rust. Ze hoeven niet gebruikt te worden om een normale run of een PDF te krijgen.

Alles gaat hier over onderzoek en simulatie. Gebruik de app niet om echte insulinedoses, diagnoses of behandelingen te bepalen. Een groen vinkje betekent niet dat een model klinisch bewezen is.

Je eerste run, zonder ingewikkelde keuzes

1. Open Overview en klik Run diagnostics. De Python-engine moet beschikbaar zijn.
2. Ontbreekt die? Ga naar Settings → Install or update Python SDK. Wacht tot de installatie klaar is en klik Refresh versions.
3. Ga naar Run protocols. Kies Booth meal-response demo voor een korte oefenrun.
4. Kies met Choose folder... een map. Laat Seed op 42 staan.
5. Laat Prepare data checks and reproducibility files aan. Laat Add local AI review eerst uit.
6. Klik Run and prepare results en wacht tot de voorbereiding klaar is.
7. Bekijk in Inspect results de glucosegrafiek, samenvatting en PDF report.

Klaar. Je hebt hiervoor geen eiwitstructuur, genetische variant, FMU of getraind AI-model nodig. De maaltijd-demo is een stressvoorbeeld: glucose buiten de referentieband is niet automatisch een softwarefout.

Welk scherm heb ik nodig?

Ik wil...	Scherm	Eerst nodig?
Controleren of alles klaarstaat	Overview	Ja
Een virtueel experiment starten	Run protocols	Ja
Grafieken, getallen en rapporten lezen	Inspect results	Ja
Vastleggen hoe een resultaat gemaakt is	Reproducibility	Voor deelbaar onderzoek
Een lokale AI om uitleg vragen	Local AI review	Nee
Een model met glucosepatronen trainen	Foundation AI & Visualizer	Alleen voor AI-onderzoek
Bestaand bewijs in een dossier verzamelen	Scientific Portfolio	Alleen voor een dossier
Eiwitten of externe rekenmodellen onderzoeken	Research tools	Alleen voor een specifieke onderzoeksvraag
Wetenschappelijke databanken vinden	Evidence sources	Als je bronnen zoekt
Mappen, AI-voorkeuren en updates regelen	Settings	Bij eerste gebruik en onderhoud

1. Overview — staat de werkbank klaar?

Dit is je startscherm. Het rekent nog geen patiënt door.

Knop	Wat gebeurt er?
New experiment	Gaat naar het scherm om een protocol te kiezen.
Open latest result	Opent een gevonden recent resultaat; voert het experiment niet opnieuw uit.
Run diagnostics	Controleert de Python-engine en beschikbare extra hulpmiddelen. Installeert die niet allemaal.
Open default output folder	Opent je standaardresultatenmap in de bestandsbeheerder.
Install Python engine	Start het installeren of herstellen van de Python-rekenlaag wanneer die ontbreekt.
Open results bij een recente run	Laadt dat specifieke eerdere resultaat.
User guide	Opent de uitgebreidere documentatie.

Engine betekent hier: het programma dat werkelijk rekent. De Tauri-app is het bedieningspaneel; de Python SDK doet de simulatie. Een ontbrekende optionele tool zoals COPASI hoeft een gewone simulatie niet tegen te houden.

2. Run protocols — kies je experiment

Een protocol is een vooraf ingestelde proef: bijvoorbeeld een maaltijd of een nachtelijk risicoscenario. Je hoeft de instellingen niet helemaal zelf op te bouwen.

Protocol	Waarvoor bedoeld?
Booth meal-response demo	Kort kennismaken met een maaltijdreactie en de interface.
Reference baseline day	Een basisrun om simulatie en rapportage te bekijken; geen klinische gouden standaard.
Doctor safety discussion	Een gesimuleerde nachtelijke uitdaging bespreken met een deskundige.
EUCYS experiment run	Een maaltijdstresstest met geregistreerde veiligheidsgebeurtenissen laten zien.
Pizza / delayed absorption	Een aanname over vertraagde maaltijdopname onderzoeken. Niet iedere pizza of patiënt reageert zo.
Jury walkthrough (full day)	Een langere voorbeeldrun met bijbehorende bestanden bekijken.

Veld of knop	Betekenis
Output folder / Choose folder...	Waar de nieuwe run opgeslagen wordt. Iedere run krijgt een eigen submap.
Seed	Startgetal voor herhaalbare toevalsprocessen. Houd dit gelijk als je gecontroleerd wilt vergelijken; ook model, instellingen en versies moeten gelijk zijn.
Prepare data checks and reproducibility files	Laat na de simulatie ook controles en onderzoeksmetadata voorbereiden. Aan laten is de eenvoudigste route.
Add local AI review	Vraagt aanvullend uitleg aan de gekozen lokale Ollama-AI. Niet nodig voor de berekeningen.
Run and prepare results	Start de simulatie en de ingeschakelde naverwerking. Daarna opent het resultaat.
Refresh protocols	Vraagt de beschikbare protocollen opnieuw op bij de engine.
Refresh history	Zoekt eerdere runs opnieuw in de geselecteerde map.
Open run folder	Toont de bestanden van de run.
Open report	Opent het gegenereerde rapport als het beschikbaar is.
Cancel run	Stopt de lopende run. Een gedeeltelijk gevulde map is geen afgerond experiment.
View results & 3D visualizer →	Gaat naar de resultatenweergave. De naam betekent niet dat je een anatomisch 3D-patiëntmodel hebt gemaakt.

Run history is je geschiedenis binnen de gekozen map. Een andere map kan dus ook een andere of lege geschiedenis hebben. Opnieuw openen is iets anders dan opnieuw rekenen.

3. Inspect results — begrijp de uitkomst

Lees eerst de glucosegrafiek, dan de samenvattende getallen. De technische tabel is vooral handig wanneer je iets wilt uitzoeken, niet als eerste stap.

De knoppen en bestanden

Knop of uitklapvak	Waarvoor gebruik je het?
Results CSV / Open CSV	Opent de tabel met de opgeslagen resultaten in een extern programma.
PDF report	Opent het leesbare rapport.
Glucose figure	Opent de afzonderlijke afbeelding van de glucosecurve.
Run guide	Opent OPEN_FIRST.md: het startpunt voor de bestanden van deze run.
Show run folder	Laat de hele resultatenmap zien.
Review with local AI	Gaat naar de optionele AI-uitleg voor deze data.
Reproducibility details	Gaat naar de onderzoeksmetadata en het pakket.
Data checks and supporting files	Toont extra certificaten, configuratie en ondersteunende bestanden.
Choose another CSV or inspect data-contract details	Klapt de bestandskeuze en aanvullende controles open.
Choose CSV...	Selecteert een bestaande resultaten-CSV; de preview laadt automatisch.
Load preview	Laadt het bestand, bijvoorbeeld nadat je het pad zelf hebt aangepast.
Check MDMP data contract	Controleert de data volgens het ingestelde datacontract.
Open certificate	Opent het resultaat van die datacontrole, niet een medische goedkeuring.
All metrics and column information	Toont de minder vaak benodigde getallen en kolominformatie.
Show every technical column	Toont ook technische CSV-kolommen in de preview. Verandert de brondata niet.

Wat betekenen de getallen?

Term	In gewone taal
Duration	Hoeveel gesimuleerde tijd de run beslaat, niet hoe lang je computer bezig was.
Mean glucose	Het gemiddelde van de glucosewaarden. Een gemiddelde alleen kan pieken en dalen verbergen.
Time in 70–180 / TIR	Het berekende aandeel binnen de getoonde referentieband. Lees dit samen met duur, bemonstering en scenario.
Time above 180 / TAR	Het berekende aandeel boven de bovengrens.
Time below 70 / TBR	Het berekende aandeel onder de ondergrens.
Glucose CV	Relatieve spreiding: standaardafwijking gedeeld door gemiddelde, maal 100%.
mg/dL	Een eenheid voor glucoseconcentratie. Niet hetzelfde getal als mmol/L.
Actual / model glucose	De interne glucosewaarde van de simulator; bij een simulatie geen echte bloedmeting.
Sensor / glucose to algorithm	Wat het algoritme via het sensormodel te zien krijgt. Dit kan afwijken van de interne waarde.
Prediction	Een voorspelling, geen waargenomen toekomstige waarde. Controleer welk voorspellingsmodel gebruikt is.
Safety event / override	Een geregistreerde waarschuwing, aanpassing of blokkering. Meerdere tijdstappen kunnen over dezelfde situatie gaan.

De samenvatting gebruikt de volledige CSV. De zichtbare tabel en grafiek kunnen begrensde previews zijn. Een groene referentieband is geen bewijs dat de hele run realistisch is. Evenmin bewijst een veiligheidsmelding dat een echte hypo voorkomen werd.

Diagram en Physiology map: twee manieren om hetzelfde model te lezen

• Diagram: de gedetailleerde rekenblokken en verbindingen van het model.
• Physiology map: een eenvoudiger overzicht van geselecteerde processen.
• Simulation time: kies welke opgeslagen tijdstap je bekijkt.
• Play / Pause / Speed: blader automatisch door opgeslagen tijdstappen. Dit start geen nieuwe simulatie en verandert de data niet.
• Show signal and effect states: toont in Diagram ook interne regel- en effectvariabelen. Die zijn niet allemaal tastbare hoeveelheden in een orgaan.
• Klik een blok voor de waarden en vergelijking. All recorded flow values at this time toont de volledige beschikbare lijst voor dat tijdstip.

Blok	Wat stelt het voor?	Wat is het niet?
Meal absorption	Snelheid waarmee maaltijdglucose volgens het model beschikbaar komt.	De hoeveelheid voedsel die je op een plaatje ziet.
Endogenous production / EGP	Eigen glucoseproductie als berekende bronterm.	Een gemeten levervoorraad of levervolume.
Plasma: glucose and insulin	Concentraties in het centrale modelcompartiment.	Een anatomisch hartmodel.
Subcutaneous insulin	Een geselecteerd insulinedepot onder de huid in het model.	Alle actieve insuline of totale IOB.
Glucose disappearance / peripheral exchange	De opname-/uitwisselingsterm die dit specifieke model registreert.	Een bewezen afzonderlijke hoeveelheid spier- of vetweefsel.

De pijlen tonen de richting van de geregistreerde stroom. Hun breedte vergelijkt geen hoeveelheden. Ontbrekende waarden worden niet verzonnen. Verschillende modellen, zoals Bergman en Hovorka, hebben verschillende interne variabelen.

Wat is MDMP eigenlijk?

Denk aan een kwaliteitscontrole van de datatabel: zijn verwachte kolommen en waarden aanwezig en voldoen ze aan het contract? Een ondertekend certificaat helpt controleren of het bestand bij de verklaring hoort.

Het bewijst niet dat de fysiologie klopt, dat je AI betrouwbaar is of dat de software medisch goedgekeurd is. Ook het historische label clinical_grade is hier een datacontractlabel, geen klinische validatie. Deel nooit de private sleutel.

4. Reproducibility — hoe kan iemand je werk controleren?

Dit scherm maakt een pakket dat vastlegt welke bestanden en instellingen bij je experiment horen. Met automatische voorbereiding bestaat al een basispakket. Je kunt hier de onderzoeker- en licentiegegevens aanvullen.

Veld of knop	Betekenis
Completed run folder	De map van het afgeronde experiment, niet een willekeurige verzameling CSV's.
Package title	Een herkenbare titel voor het pakket.
Creator	Naam van de maker/onderzoeker.
ORCID	Onderzoekers-ID; optioneel als je er geen hebt.
Run-artifact licence	Onder welke voorwaarden de bestanden gedeeld mogen worden. Laat NOASSERTION staan als je dit niet weet.
Evidence source IDs	Verwijzingen naar bronnen die werkelijk bij dit experiment horen. Geen willekeurige lijst om het wetenschappelijker te laten lijken.
Create academic package	Schrijft het lokale controlepakket. Publiceert niets automatisch.
Open RO-Crate metadata	Opent de gestructureerde beschrijving van bestanden en herkomst.
Open audit	Opent het controleverslag met aanwezige en ontbrekende onderdelen.
Open review guide	Opent de leesbare toelichting voor een beoordelaar.

Een checksum/hash is een digitale vingerafdruk van een bestand. Een audit is een controleverslag. Beide helpen bij traceerbaarheid, maar vervangen geen wetenschappelijke beoordeling of toestemming om patiëntdata te delen.

5. Local AI review — uitleg vragen, niet opnieuw rekenen

Gebruik dit als je hulp wilt bij het lezen van een al geladen resultaat. Het is een taalmodel voor toelichting, niet automatisch het model dat glucose voorspelt.

Veld of knop	Betekenis
Ollama model	Welk lokaal taalmodel je gebruikt. Grotere modellen kosten vaak meer geheugen en tijd.
Host	Adres van je lokale Ollama-dienst. Laat normaal http://127.0.0.1:11434 staan.
Start local AI	Probeert Ollama klaar te zetten en het geselecteerde model beschikbaar te maken; een modeldownload kan nodig zijn.
Check connection	Controleert of de dienst bereikbaar is.
Refresh model list	Vraagt de beschikbare modellen opnieuw op.
Research question	Je vraag over het gekoppelde resultaat.
Analyze loaded result	Stuurt de ondersteunde runcontext naar de lokale AI en toont de gefilterde uitleg.

Een goede eerste vraag is: “Vat deze run eenvoudig samen. Welke getallen moet ik zelf controleren en wat kun je uit deze data niet afleiden?”

Deterministic SDK facts zijn de berekende feiten. AI review is gegenereerde tekst. De app kan onbewezen getallen of behandeladvies wegfilteren; soms blijft er weinig tekst over. Dat is geen reden om de filters uit te zetten of de AI boven de CSV te vertrouwen. De AI certificeert je resultaten niet.

6. Foundation AI & Visualizer — geavanceerd glucose-AI-onderzoek

Overslaan als je alleen een simulatie wilt draaien. Dit onderdeel leert patronen uit CGM-data. De GlucoFM-methodereproductie is een eigen implementatie; het is niet automatisch het officiële Google-model met officiële gewichten.

Een lokaal model trainen

Veld of knop	Betekenis
Pretraining dataset / Choose dataset...	Selecteer geschikte CGM-trainingsdata. Niet zomaar een PDF of screenshot.
Pretraining output folder	Eigen map voor modelbestanden en logs.
Epochs	Hoe vaak de training door de trainingsdata gaat. Meer is niet automatisch beter.
Batch size	Hoeveel voorbeelden tegelijk worden verwerkt; beïnvloedt het geheugengebruik.
Pretrain local reproduction	Start een echte training. Kan veel tijd en geheugen vragen.

Een getrainde representatie bekijken

Veld of knop	Betekenis
24-hour CGM CSV	Glucosereeks die je wilt laten omzetten naar modelkenmerken.
Trained GlucoFM checkpoint	Het opgeslagen, compatibele getrainde model, bijvoorbeeld glucofm_encoder.pt.
Glucose column / Timestamp column	Kolomnamen, alleen aanpassen als automatische herkenning niet klopt.
Extract trained 128D embedding	Maakt 128 modelkenmerken uit de reeks. Dat zijn geen 128 organen of rechtstreeks interpreteerbare medische metingen.
Comparable evaluation artifacts / Choose JSON files...	Selecteer evaluatieresultaten die methodologisch vergelijkbaar zijn.
Compare selected evidence	Vergelijkt die geselecteerde evaluatiebestanden, niet willekeurige patiënten alsof de onderzoeken gelijk waren.
Method schematic	Toont hoe de methode opgebouwd is. Geen trainingsresultaat.
Last embedding	Toont de laatst berekende representatie.
Held-out forecast evidence	Toont beschikbare voorspellingsevaluatie; lees het label dat echte evaluatie van demonstratiedata onderscheidt.

Held-out betekent apart gehouden voor evaluatie. Dezelfde patiënt of overlappende vensters in training en test kunnen een te mooi resultaat geven. Lang trainen alleen bewijst dus niet dat je model nieuwe patiënten goed voorspelt.

7. Scientific Portfolio — een dossier van bestaand bewijs

Veld of knop	Betekenis
Dossier output folder	Waar het dossier komt. Gebruik een aparte map.
Generate evidence dossier	Verzamelt/indexeert beschikbare lokale bewijsbestanden. Maakt ontbrekende experimenten niet vanzelf.
Open dossier	Opent het leesbare dossier.
Open manifest	Toont welke onderdelen wel en niet aanwezig zijn.
Reveal output folder	Opent de map met het dossier.

Controleer figuurbijschriften, bronnen en ontbrekende stukken voordat je dit aan een jury geeft. Een fraai dossier is niet hetzelfde als een gevalideerd resultaat.

8. Research tools — losse specialistische gereedschappen

Kies hier alleen een onderdeel als je weet welke onderzoeksvraag je ermee wilt beantwoorden. Een eiwit bekijken verandert niet vanzelf de glucoseberekening. De sprongknoppen binnen dit scherm helpen je naar het gewenste onderdeel te gaan.

A. Eiwitten bekijken: AlphaFold en de 3D-viewer

Doel: een voorspelde eiwitstructuur onderzoeken of illustreren.

Knop	Wat doet die?
Load molecule assets	Laadt de beschikbare eiwitbestanden en kaarten.
Open structural folder	Opent de bijbehorende bestandenmap.
View 3D	Opent een draaibare weergave van de eiwitruggengraat. Niet een volledige moleculaire dynamicasimulatie.
Reset view	Zet de camera terug. Verandert het eiwit niet.
Auto-rotate	Laat alleen de weergave draaien.
Close viewer	Sluit de viewer.
Open PNG	Opent een statische afbeelding.
Reveal mmCIF	Toont het coördinatenbestand in de bestandsbeheerder.
Generate PAE / Open PAE	Haalt de foutschattingsmatrix op of opent de bestaande versie.
AlphaFold entry	Opent de officiële databankpagina. Hiervoor is internet nodig.

pLDDT is een lokale betrouwbaarheidsscore van de structuurvoorspelling. PAE geeft geschatte onzekerheid over relatieve posities van eiwitdelen. Geen van beide vertelt rechtstreeks hoe ernstig diabetes is, hoe goed een medicijn werkt of hoeveel insulinegevoeligheid een variant overlaat.

B. Genomics multi-scale simulation

Doel: een expliciet ondersteund/aangenomen effect van een genetische variant als simulatiescenario vergelijken. Gene is het gen, Variant de verandering.

• Run genomics simulation: start de scenariovergelijking.
• Open genomics plot: opent de gegenereerde figuur.

Lees altijd de bron en effectaanname in de output. Een variantnaam of een label “pathogenic” bepaalt op zichzelf geen exact fysiologisch percentage. Een onbekende variant mag niet als bewezen functioneel effect worden geïnterpreteerd. Dit is geen persoonlijke genetische diagnose of patiëntkalibratie.

C. Tissue-specific resistance stress test

Doel: onderzoeken hoe een algoritme reageert op verschillende aannames over spier- en levergevoeligheid.

• Muscle sensitivity %: relatieve gevoeligheidsinstelling voor de spierkant.
• Liver sensitivity %: relatieve gevoeligheidsinstelling voor de leverkant.
• Run tissue stress test: voert de vergelijking uit.
• Open tissue plot: opent de figuur.

100% is de referentie-instelling van dit model, geen vastgestelde gezondheid van een patiënt. 30% is een simulatie-instelling, niet iets wat je uit een losse expressiegrafiek of eiwitafbeelding mag afleiden.

D. Mechanistic Reference Model Lab: SBML

Doel: een apart vergelijkingsmodel met vergelijkingen uitvoeren, bijvoorbeeld om een berekening onafhankelijk te onderzoeken. Niet nodig voor standaardpresets.

Veld of knop	Betekenis
Local SBML file / Choose file...	Een lokaal rekenmodel in .xml of .sbml, niet een resultatenbestand.
Variables	Welke modelvariabelen je wilt registreren. Gebruik namen die in het model staan.
Model source URL / Model license	Herkomst en gebruiksvoorwaarden vastleggen.
Start / End	Begin en einde in de tijdseenheid van het externe model. Niet automatisch minuten.
Sample points	Aantal gevraagde uitvoerpunten.
Check engine	Controleert de benodigde rekenbibliotheek.
Inspect SBML	Bekijkt de modelbeschrijving.
Run reference model	Voert het externe model uit.
Open run folder / Open review report / Open reference CSV	Opent respectievelijk bestandenmap, verslag of uitvoertabel.

libRoadRunner is de rekenbibliotheek die dit model uitvoert. Vergelijk geen waarden met IINTS-glucose voordat je variabelen en eenheden hebt gecontroleerd.

E. Cross-scale Reference Labs

Check all engines controleert welke externe hulpmiddelen beschikbaar zijn. Het voert niet alle onderzoeken uit en installeert niet alle programma's.

Onderdeel	Wanneer nuttig?	Invoer en knoppen
COPASI	Vragen zoals: op welke parameters reageert mijn model sterk?	Selecteer .cps; Inspect tasks bekijkt taken; Run configured analysis voert de ingestelde analyse uit; Open latest bundle opent de output.
OpenCOR / CellML	Een extern fysiologisch model inspecteren en controleren.	Selecteer .cellml/.xml; Inspect CellML bekijkt het bestand; Validate with OpenCOR vraagt validatie via OpenCOR; Open latest bundle opent de output. Validatie is niet hetzelfde als klinische juistheid of een volledige simulatie.
FMI / FMPy	Een extern apparaat-/fysisch model uitvoeren, bijvoorbeeld pompgedrag.	Selecteer .fmu; Inspect FMU safely inspecteert metadata; Run trusted FMU voert het model uit; Open latest bundle / Open latest CSV opent de resultaten.
BindingDB	Gepubliceerde meetgegevens over moleculaire binding zoeken.	Vul UniProt accession, Affinity cutoff (nM) en Maximum records in; Fetch measured affinities haalt records op; Open latest bundle / Open affinity CSV opent de bestanden.

Overige velden:

• Task override: kiest bij COPASI een andere taak; alleen wijzigen als je de modeltaken kent.
• Timeout seconds: maximale wachttijd voor de opdracht, niet gesimuleerde tijd.
• Output interval: afstand tussen uitvoerpunten van het externe model.
• Variables: namen van gewenste uitvoervariabelen.
• Start / End: tijdsbereik in de eenheden van dat model.
• UniProt accession: de databankcode van een eiwit, niet de naam van een patiënt.
• Affinity cutoff: zoekfilter voor bindingsmetingen; geen doseeradvies.

Let op de toestemmingsvakjes. COPASI-taken kunnen naar externe bestanden verwijzen. Een FMU kan uitvoerbare native code bevatten en is niet automatisch veilig omdat hij uit een wetenschappelijke context komt. Een bestand kiezen is niet hetzelfde als het vertrouwen en uitvoeren. Voer geen onbekende FMU zomaar uit. Bindingsmetingen zoals Ki, Kd en IC50 zijn bovendien niet onderling uitwisselbaar of rechtstreeks een modelparameter voor glucose.

9. Evidence sources — waar komt kennis vandaan?

Dit is de bronnenkast, niet de simulator.

Veld of knop	Betekenis
Load evidence connectors	Laadt het overzicht van beschikbare koppelingen en bronnen.
Search resources	Zoekt op naam of onderwerp.
Integration status	Filtert op wat werkelijk geïmplementeerd is.
Open portal	Opent de officiële website. Importeert niet automatisch data.
Open API docs	Opent technische documentatie voor de koppeling. Meestal niet nodig als beginner.

Integrated = een afgebakende koppeling bestaat. Partially integrated = een deel bestaat. Portal only = een link. Planned = nog niet beschikbaar. Geen van deze labels betekent dat de bron jouw simulatie heeft gevalideerd.

10. Settings — voorkeuren en onderhoud

Veld of knop	Betekenis
Default output folder	Standaardmap voor nieuwe runs. Verplaatst oude resultaten niet.
Default deterministic seed	Standaardstartgetal voor nieuwe experimenten.
Default Ollama model / Local Ollama host	Voorkeur voor lokale AI-uitleg.
Run environment diagnostics when the application starts	Controleert de omgeving bij het openen.
After each run	Standaardkeuze voor automatische controles en optionele AI-review.
Save settings	Bewaart deze lokale voorkeuren.
Restore defaults	Zet voorkeuren terug; is geen knop om onderzoeksbestanden te verwijderen.
Refresh versions	Controleert app- en SDK-versies. Voert geen update uit.
Install or update Python SDK / Update Python SDK	Installeert of vernieuwt de rekenlaag via een zichtbare terminalopdracht.
Check for app update	Zoekt een ondertekende nieuwe appversie.
Install update & restart	Downloadt en installeert de app-update en herstart de app. Laat lopende taken eerst afwerken.
Download manually / Open app downloads	Alternatieve route naar de installers.
Read update instructions	Opent de update-uitleg.
Copy / Copy SDK update command	Kopieert de opdracht; voert hem niet uit. Vooral voor gevorderden.
User guide / Installation guide / SDK documentation / IINTS website	Opent respectievelijk de handleiding, installatiehulp, volledige docs of projectsite.

App en SDK zijn twee verschillende dingen. Een app-update vernieuwt de interface; een SDK-update vernieuwt de Python-rekenlaag. Voor de nieuwe automatische voorbereiding gebruik je app 0.2.14 met SDK 1.5.37 of nieuwer. Normaal hoef je bij een app-update geen nieuwe DMG of EXE zelf te downloaden. Een OS-toestemmingsmelding kan wel voorkomen. Een eerdere PySide-app heeft niet dezelfde updater als Tauri.

Welke bestanden moet ik onthouden?

Bestand	Waarom nuttig?
OPEN_FIRST.md	Begin hier als je een resultatenmap buiten de app opent.
results.csv	De opgeslagen tabel: basis voor verdere analyse.
PDF-rapport	Leesbare samenvatting om door te nemen.
PNG / SVG	Afbeelding of vectorgrafiek; geen nieuwe meetdata.
Configuratie / runmetadata	Legt vast met welke instellingen het resultaat gemaakt werd.
desktop_metrics.json	Machinaal leesbare berekende samenvatting.
desktop_run_bundle.json	Status en bestanden van de automatische voorbereiding. Niet met de hand aanpassen.
MDMP-certificaat + publieke sleutel	Ondertekende datacontrole. De private sleutel hoort niet in je deelpakket.
ro-crate-metadata.json	Gestructureerde beschrijving van de onderzoeksbestanden.
academic_audit.json	Controleverslag van het pakket.
local_ai_review.md / JSON	Optionele AI-toelichting, geen vervanging van resultaten.
.pt checkpoint	Opgeslagen AI-model; laad alleen bestanden van een vertrouwde bron.
.cif / mmCIF	Molecuulcoördinaten.
.html	Een interactief rapport dat vaak in de browser opent.

Deel niet zomaar een hele map: controleer patiëntdata, datalicenties, persoonlijke paden en sleutels. Niet alles wat je lokaal mag gebruiken, mag naar GitHub.

Waarom is een knop grijs of gebeurt er niets?

Situatie	Eerst controleren
Run-knop grijs	Protocol gekozen? Map ingevuld? Geldige seed? Engine beschikbaar? Geen andere taak actief?
Open report / certificate grijs	Is dat bestand al aangemaakt en gekoppeld?
AI analyse niet beschikbaar	CSV geladen? Vraag ingevuld? Ollama en model bereikbaar?
3D-viewer niet beschikbaar	Zijn de lokale structuurgegevens aanwezig en leesbaar?
Externe labknop niet beschikbaar	Modelbestand gekozen? Benodigde engine aanwezig? Eventueel toestemmingsvakje bewust aangevinkt?
Geschiedenis leeg	Kijk je in de juiste outputmap? Probeer Refresh history.
Updatecontrole mislukt	Internetverbinding en foutmelding bekijken; “niet kunnen controleren” betekent niet “al bijgewerkt”.
Warning / Skipped na een run	Lees welke stap overgeslagen is. De simulatie kan klaar zijn terwijl optionele AI ontbreekt.

Lees eerst de status onder het onderdeel. Klik niet steeds opnieuw op Start: een training, modeldownload of externe analyse kan langer duren dan een normale run.

Kleine woordenlijst

Woord	Betekenis
SDK	Herbruikbare softwarebibliotheek plus hulpmiddelen.
Tauri / Rust shell	De native app en de laag die gecontroleerde opdrachten doorgeeft.
Bridge	De verbinding tussen de app en de Python SDK.
Digital twin	Hier een virtueel model; niet automatisch een exact persoonlijk gekalibreerde patiënt.
Bergman / Hovorka	Namen van glucose-insulinemodelfamilies. De SDK gebruikt ook uitbreidingen daarop.
State / toestand	Een waarde die het model bijhoudt, bijvoorbeeld een concentratie of depot.
Flux	Een snelheid van verandering of overdracht, dus een hoeveelheid per tijdseenheid.
ODE	Vergelijking die beschrijft hoe een toestand door de tijd verandert.
IOB / COB	Schattingen van resterende insulinewerking/insuline aan boord en koolhydraten aan boord; definitie hangt af van de gebruikte berekening.
Supervisor	Vaste controleregels die algoritmevoorstellen controleren. Geen garantie tegen ieder risico.
Calibration	Modelparameters afstemmen op data. Een goede fit is nog geen onafhankelijke validatie.
Validation	Controleren of een methode geschikt is voor een expliciet doel met passende, onafhankelijke gegevens.
Checkpoint	Opgeslagen modelgewichten en eventueel trainingsinformatie.
Embedding	Door een model geleerde numerieke beschrijving van een invoer.
Provenance	Herkomst: waarmee en waaruit een resultaat gemaakt is.
Sensitivity analysis	Onderzoeken hoeveel uitkomsten veranderen als parameters veranderen.
Identifiability	Onderzoeken of de beschikbare data verschillende parameterwaarden wel van elkaar kan onderscheiden.

Mijn advies: werk in drie niveaus

Niveau 1 — leren gebruiken: Overview, een korte run en Inspect results. Stop hier totdat je begrijpt welke curve en welke bestanden je krijgt.

Niveau 2 — onderzoek vastleggen: voeg Reproducibility en eventueel Local AI review toe. Controleer de feiten zelf en noteer beperkingen.

Niveau 3 — specialistisch onderzoek: kies één lab of één trainingsvraag. Niet alle labs tegelijk. Begin steeds met: “Welke vraag beantwoord ik hiermee, welke invoer heb ik nodig en wat kan deze output niet bewijzen?”

Voor technische details: uitgebreide Engelse handleiding. Voor installatieproblemen: installatiehulp.